客家事務局設有局長、副局長、主任秘書及專門委員各1名，並設有各科室，分別掌理各有關事項：
一、綜合規劃科：
客家事務政策、制度、法規之綜合規劃、基礎資料之建置、學術研究發展與施政計畫之管制、客家事務資料調查、蒐集及出版、活絡客家社團、海內外客家事務合作與交流、客家跨域會議及交流平台、客家重大政策之整合行銷等事項。
二、文教發展科：
客家語言及藝文政策之規劃與推動、客家文化教材之編纂修訂、客家語言之推廣及人才之培育、客家傳統民俗禮儀、技藝之研究與傳承、客家藝術文化活動之執行推廣等事項。
三、營運管理科：
客家館舍園區營運發展政策之規劃、場地管理租借及導覽、志工招募管理、館舍文物之典藏、館舍之展示(演)活化推廣、加強館際之合作交流等事項。
四、產業設施科：
客家產業政策規劃、資料之蒐集與推動、產業人才之培訓、客家生活環境之調查、研究、修繕、維護與營造、傳統空間之保存及發展再利用、館舍設施之修繕維護等事項。
五、秘書室：
文書、檔案、出納、採購、總務、財產管理與資訊等。
六、會計室：
依法辦理歲計、會計及統計事項。
七、人事室：
依法辦理人事管理事項。
八、政風室：
依法辦理政風事項。